Kelurahan Pamusian semula adalah sebuah Kampung Pamusian yang sudah ada sejak tahun 1942 sampai tahun 1970 berubah menjadi Desa Pamusian.
Dari tahun 1970 hingga tahun 1993 akhirnya Kelurahan Pamusian terbentuk mulai tahun 1994. Berdasarkan Peraturan Walikota Kota Tarakan Nomor 63 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Kecamatan Tarakan Tengah Kota Tarakan.
Sebagai langkah inovatif, Kelurahan Pamusian mengadopsi program "Desa Cantik" (Cinta Statistik). Inisiatif ini bertujuan untuk membina dan meningkatkan kualitas data
pembangunan difokuskan pada digitalisasi layanan dan optimalisasi potensi ekonomi lokal. Berbekal data yang akurat dari program "Desa Cantik" untuk mewujudkan Kelurahan Pamusian yang lebih maju.